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Le Fuel Cell principalmente studiate fino ad ora sono state quelle che producono energia utilizzano come combustibile l'idrogeno. Bisogna però considerare che questo gas non si trova facilmente in natura e viene prodotto a partire da una operazione di steam cracking di idrocarburi o da carbone.
Questo procedimento si basa su un'operazione di combustione parziale della fonte carboniosa (idrocarburo o carbone) in presenza di vapore di acqua. In questo modo si ottiene sia idrogeno che CO che viene successivamente convertito in CO2 con formazione di ulteriore idrogeno.
Successivamente il gas prodotto deve essere purificato, poiché anche piccole percentuali di CO (10ppm o meno) sono in grado di inibire fortemente il catalizzatore utilizzato all'interno delle Fuel Cell (basato, solitamente su platino).
Quindi sembrerebbe che il loro utilizzo sia inutile quale fonte di energia. Tuttora, infatti, si parla dell'idrogeno (e di conseguenza le FC) esclusivamente quale vettore energetico per portare gli inquinanti al di fuori delle città, poiché la produzione di energia dall'idrogeno è esente (affermazione non propriamente vera) dalla formazione di inquinanti.
Appurato che il loro utilizzo come vettore energetico è ambientalmente conveniente all'interno delle città, ciò non può essere ritenuto vero finche la fonte di idrogeno saranno i combustibili fossili, senza considerare l'inconveniente di dover trasportare un gas (l'idrogeno) non proprio innocuo.
L'utilizzo di Fuel Cell alimentate a etanolo risultano convenienti poiché il combustibile utilizzato può essere facilmente ottenuto in natura partendo da fonti rinnovabili (le biomasse). Questo indubbio vantaggio permette di avere una fonte energetica non inquinante, non solo all'interno delle città, ma anche nei confronti del globo terrestre, infatti le biomasse utilizzate producono CO2 che viene nuovamente sequestrata dalle piante per poter essere nuovamente trasformata in energia, proseguendo così all'infinito.